Penubuhan Nahdlatul Ulama di Malaysia (NUCIM) pada 1999 merupakan satu bentuk respon terhadap aspirasi yang berkembang di kalangan masyarakat (baca nahdliyyin[1]) Indonesia yang tinggal di sini samada mereka yang sudah mempunyai status permanent resident mahupun dari golongan pelajar. Motivasi utama dari hasrat ini adalah berdasarkan kepada idealisme untuk menyebarkan ideologi dan fahaman NU supaya ia lebih mensejagat ke dunia antarabangsa khasnya dalam hal ini adalah Malaysia. Keinginan untuk memiliki perkumpulan (jamiyyah) sendiri untuk memenuhi keperluan dalam menjalankan aktiviti-aktiviti keagamaan dan kerinduan terhadap organisasi yang sudah mendarah daging di kalangan ahlinya semasa di tanah air, juga menjadi faktor-faktor yang mempengaruhi kewujudan NU di Malaysia.

Nahdlatul Ulama (NU) adalah salah satu organisasi sosial-agama yang ada di Indonesia, selain NU terdapat organisasi sosial-agama lain yang cukup penting dan berperanan besar dalam membentuk karakter dan intelektual sebagian bangsa Indonesia seperti jamiyyah Muhamadiyah, Persatuan Islam (PERSIS), al-Washliyyah, Nahdlatul Wathan (NW), al-Irsyad, al-Khoiriyyah, Mathla’ul Anwar dan lain-lain. Namun demikian, dari sekian banyak organisasi sosial-agama tersebut, NU dan Muhamadiyah yang sering mendapat perhatian lebih dari kalangan pengamat dan peneliti sosial-politik dan agama, sama ada dari dalam negeri maupun manca negara. Ini barangkali disebabkan karena kedua-dua organisasi tersebut paling banyak anggotanya sehingga sangat mempengaruhi dan mewarnai dinamika sosial-politik Indonesia. NU mengklaim memiliki anggota kira-kira 60 juta pengikut, Muhamadiyyah memiliki anggota kira-kira 30-40 juta pengikut), juga memiliki lembaga pendidikan yang hampir terdapat di seluruh wilayah di Indonesia. Lembaga pendidikan NU berbasis pada pondok pesantren, sekolah-sekolah dan beberapa universiti, sedangakan lembaga pendidikan Muhamadiyyah berbasis pada sekolah-sekolah, universiti dan institut-institut lainnya. Oleh karena itu, kedua-dua organisasi ini memiliki peranan yang amat strategis untuk menentukan arah pembangunan bangsa dan negara Republik Indonesia.

Kasus kekerasan yang terjadi di IPDN (Institut Pendidikan Dalam Negeri) yang merenggut nyawa mahasiswa bernama Cliff Muntu merupakan sebuah potret Lembaga Pendidikan Tinggi yang masih menerapkan Manajemen Berbasis Kekerasan.